医学大数据（medical big data）指所有与医疗和生命健康相关的大数据，它是个性化治疗、医疗规范分析、临床风险干预、疾病预测分析、病人数据自动报告等精准医学的基础。粤港澳大湾区精准医学研究院将建成国际一流的精准医学和智慧医疗支撑基地，而医学大数据是其中必不可缺的一环。研究院的医学大数据平台（medical big data facility）有两个主要任务：1）为研究院内的科研人员提供各种医学大数据的分析服务；2）为研究院内和其他兄弟单位的科研人员提供科学计算和数据存储能力。

目前在医学和生命科学的研究中，使用计算生物学和生物信息学的方法和工具对大数据进行处理和分析已成为了主流研究方向之一，医学大数据平台提供标准化和定制化的数据分析服务包括了：1）转录组（RNA-Seq）测序分析模块；2）全基因组（WGS）和全外显子组（WES）测序分析模块；3)全基因组甲基化测序分析模块；4）单细胞测序分析和聚类模块。如有其他特殊的生物数据分析需求，平台也可以开发定制化的分析流程。

医学大数据平台建有高性能计算集群一套（High-performance Computing Cluster, HPC），拥有计算节点四个、大内存计算节点一个、GPU计算节点一个和超算存储系统一套，目前计算节点拥有cpu核心总数400个，内存总量3.5TB，4 块专业GPU加速卡计算卡，存储系统的容量为1PB，其中可用容量为0.8PB。平台的高性能计算集群能够为院内外的用户提供一个可靠的、平衡的、高效的医学数据计算环境。