粤港澳大湾区精准医学研究院

GREATER BAY AREA INSTITUTE OF PRECISION MEDICINE

研究队伍

RESEARCH TEAM

智能医学研究中心|潘翠萍

发布日期:2024-05-20 10:33:18 作者: 来源:

浏览次数:11682


微信图片_20230822191129.jpg

   

    性别:女

 所属部门:科学研究部门-智能医学研究中心   

    职称:青年研究员

 电子邮箱:pancuiping@ipm-gba.org.cn   

    学历:博士

 研究方向:生物医学智能计算


个人介绍

课题组长潘翠萍,2008年博士毕业于德国马普生物化学研究所,2013年在美国斯坦福大学遗传系完成博士后培训,随后留校工作。2014年加入美国VA医疗卫生系统任职生物信息学主任,于2021年全职加入粤港澳大湾区精准医学研究院(广州),组建生医智算(Intelligent Computing in Biomedicine)实验室。潘博士在人群队列大数据计算、多组学技术、生物信息学、云计算等方面具有丰富的研究经验,于Cell, JAMA, Circulation, Plos Computational Biology等杂志发表多篇研究论文。


研究方向

课题组致力于用多组学技术、生物医学大数据、数据科学及数据工程等方法来统筹和融合多维度生物医学数据,开展心血管遗传与免疫的计算组学研究,以解析其发生发展机制并发展精准预测预防方法和个体化药物治疗方案。课题组长期与斯坦福大学心血管研究中心、国内几家知名医院合作。在研课题有:

1.心血管疾病的遗传与表观遗传调控

2.心血管疾病的免疫调控

3.纤维化的机制与干预方案


代表性论文专著

* Equal contributions    # Corresponding author

  • 1. Gao H*, Liu S*, Mai Y, Wang Y, Zhang X, Zheng S, Luo C#, Pan C#.  Combined Therapy of Prednisone and mTOR Inhibitor Sirolimus for Treating Retroperitoneal Fibrosis. Ann Rheum Dis.  2023 Feb; doi:10.1136/ard-2022-223736

  • 2. Li J*, Pan C*, Zhang S*, Spin JM, Deng A, Leung LLK, Dalman RL, Tsao PS, Snyder M. Decoding the Genomics of Abdominal Aortic Aneurysm. Cell. 2018 Sep 174 (6): 1361-1372.

  • 3. Dewey FE*, Grove ME*, Pan C*, Goldstein BA, Bernstein J, Chaib H, Goldfeder RL, Ormond KE, Caleshu C, Kingham K, Klein TE, Whirl-Carillo M, Sakamoto K, Wheeler MT, Butte AJ, Merker JD, Ford J, Boxer L, Loannidis JPA, Yeung AC, Altman RA, Assimes TL, Snyder M# , Ashley EA# , Quertermous T# . Clinical Interpretation and Implications of Whole Genome Sequencing. JAMA. 2014;311(10):1035-1045.

  • 4. Bahmani A*, Ferriter K*, Krishnan V, Alavi A, Alavi A, Tsao PS, Snyder MP# , Pan C#. Swarm: A Federated Cloud Framework for Large-Scale Variant Analysis. PLoS Comput Biol. 2021 May 12;17(5):e1008977.

  • 5. Bahmani A*, Xing Z*, Krishnan V*, Ray U*, Mueller F, Alavi AA, Tsao PS, Snyder MP# , Pan C#. Hummingbird: Efficient Performance Prediction for Executing Genomic Applications in the Cloud. Bioinformatics. 2021 Mar 8:btab161.

  • 6. Ross PB, Song J, Tsao PS#, Pan C#. Trellis for efficient data and task management in the VA Million Veteran Program. Sci Rep. 2021 Dec 1;11(1):23229.

  • 7. Pan C*#, McInnes G*, Deflaux N*, Snyder M, Bingham J, Datta S, Tsao PS#. Cloud-based Interactive Analytics for Terabytes of Genomic Variants Data. Bioinformatics. 2017 Dec 1;33(23):3709-3715.

  • 8. Pan C*, Kumar C*, Bohl S, Klingmü U, and Mann M. Comparative Proteomic Phenotyping of Cell lines and Primary Cells to Assess Preservation of Cell Type Specific Functions. Mol Cell Proteomics. Mar 01, 2009; 8: 443-450.

  • 9. Pan C, Olsen JV, Daub H, and Mann M. Global Effects of Kinase Inhibitors on Signaling Networks Revealed by Quantitative Phosphoproteomics. Mol Cell Proteomics. 2009 Dec;8(12):2796-808.

  • 10. Pan C, Gnad F, Olsen JV, and Mann M. Quantitative Phosphoproteome Analysis of a Liver Cell Line Reveals Specificity of Phosphatase Inhibitors. Proteomics. 2008 Nov;8(21):4534-46.


粤港澳大湾区精准医学研究院

GREATER BAY AREA INSTITUTE OF PRECISION MEDICINE

版权所有© 粤港澳大湾区精准医学研究院    粤ICP备2021038868号   粤公网安备 44011502000710号